historii kultury XVI-XIX w., historii Kościoła i radykalnej reformacji, edytorstwa źródeł.

Publikacje (250), do ważniejszych należą: Listy Władysława Sikorskiego do Władysława L. Jaworskiego i Prezydium Naczelnego Komitetu Narodowego (1914-1919), Kraków 1987 - oprac. wspólnie z Z. Kozińskim; Chronicon seu vera historiae tabula rerum Polonicarum, Kraków 1990 - oprac. wspólnie z Z. Kowalska-Urbankowa, A. Kozłowska; Księgi egzaminów do święceń w diecezji krakowskiej z lat 1573-1614, Kraków 1991; Szymon Budny, "Bibliotheca dissidentium" Baden-Baden 1991, t. XIII, s. 8-94; Wykształceni synowie chłopscy w Małopolsce w epoce późnego Odrodzenia, Kraków 1993; "Zawsze byłem Żydem dla Polaków i Polakiem dla Żydów". Listy Marka Wajsbluma do Stanisława Kota z lat 1927-1961, Kraków 1996 - oprac. wspólnie z Z. Kozińskim; Orły nasze, pod red. M. Rokosza, Kraków 1996 - współautorstwo;. Inwentarz rękopisów Biblioteki Jagiellońskiej 10001-11000. Cz. 1, nr 10001-10500, Kraków 1997 - współautorstwo; W kręgu Strasburga. Z peregrynacji młodzieży z Rzeczypospolitej polsko-litewskiej w latach 1538-1621, Kraków 1997; Poczet rektorów Uniwersytetu Jagiellońskiego 1400-2000, Kraków 2000; Z Piaseczna w świat. Diariusz Zygmunta Opackiego z lat 1606-1651, wstęp i oprac. Z. Pietrzyk, Kraków 2001; Regesty z Metryki Koronnej do dziejów powiatów opoczyńskiego, radomskiego, stężyckiego z lat 1574-1795. Część I: lata 1574-1659, pod red. Z. Pietrzyka, Radom 2001 - wstęp i współautorstwo; Źródła do dziejów parlamentaryzmu polskiego XVI-XVIII w. w Bibliotece Jagiellońskiej, Kraków 2004 - wspólnie z Z. Kozińskim; Peregrynacja Jana Heidensteina przez Belgię, Francję i Włochy w roku 1631 zaczęta a w roku 1634 zakończona, wstęp i opracowanie Z. Pietrzyk, tłumaczenie A. Golik-Prus, Kraków 2005.

UJ: Dyrektor Biblioteki Jagiellońskiej 2003-;
Redakcje: Redaktor serii wydawniczej „Bibliotheca Iagellonica. Fontem et Studia" - od 1999 r.

Inne: Pprzewodniczący Rady Programowej Książnicy Cieszyńskiej; przewodniczący Rady Fundacji Polskiej Biblioteki Internetowej; członek Krajowej Rady Bibliotecznej, Rady Naukowej Biblioteki Narodowej; Rady Naukowej Biblioteki PAU-PAN w Krakowie, Rady Konsultacyjnej Fundacji Muzeum Książąt Czartoryskich.

Biblioteka i książka w procesie komunikacji społecznej; Biblioteki internetowe.

Promotor prac doktorskich, opiekun prac magisterskich